Si j'ai bien compris ce que tu veux faire : ça ne fonctionnera jamais

Un binaire pour Windows ne fonctionnera pas sous linux et inversement.
Eventuellement, sous linux tu peux utiliser Wine pour lancer certaines applis portables windows.
Et sur les deux OS, tu peux utiliser VirtualBox pour faire fonctionner ta clé.
Mais ce sont là des moyens détournés, peu pratiques, et parfois instables.
Bref, avoir par exemple "un seul Thunderbird qui tourne sous Windows ET Linux (et mac)", c'est pas demain la veille.
La Framakey Ubuntu-fr Remix fonctionne donc différemment : elle comprend Thunderbird Mac + Thunderbird Linux (dans le liveUSB Ubuntu) + Thunderbird Windows, mais ces 3 applications vont chercher leurs données dans le même profil partagé (qui peut être lu, lui, par les 3 OS).
Ainsi, tu peux lancer l'un des 3 Thunderbird, mais tu retrouvera toujours les mêmes données (mails, extensions, etc).
C'est valable aussi pour Firefox/Framafox
Bref, pas possible sans contournement type virtualisation (si j'ai bien compris ta question)