Sur sourceforge, mots clés : "php file manager" (ine ze inegliche langouage ^^) deux solutions
http://phpfm.sourceforge.net/ (gestion des droits par chmod, pas sûr que la gestion des droits soit destinée à des utilisateurs humain, mais peut être plutôt pour des process)
http://www.solitude.dk/filethingie/ (qui a plus l'air d'être ça en terme fonctionnel mais tout pourri en terme de sécurité: i.e. le serveur conserve les mots de passes en clair plutôt qu'un hash (plus administration via la modification d'un fichier texte, selon les gouts, et l'urbanisation[1] du SI[2] dans lequel il s'intègre ça peut être bien ou mal).
Ce sont des solutions simple pour l'hébergement classique php/mysql et donc sur-spécialisés.
Une alternative est l'utilisation d'une GED[3] (Gestion é(raah, cochonerie de windows xp du boulot, le caplocks+é ne fait pas mon é majuscule)lectronique de Document) comme Maarch (à checker niveau sécurité d'anciennes versions utilisait l'id du document dans l'url et cela suffisait pour l'accès) ou Alfresco (mais là, on s'écarte de la contrainte technique, c'est du Java et pas du PHP/MySQL). Les fonctionnalités de répertoires, gestion de fichiers et droits d'accès des utilisateurs sont gérées (avec administration un poil plus "industrialisée").
Une autre alternative est l'utilisation d'un SGC[4] (Système de Gestion de Contenu), l'outil n'est plus tourné vers les documents/fichiers, mais vers le contenu (article, texte, message, annonce, etc...) par contre la gestion relativement fine des droits s'y retrouve (c'est un des points qui les distingue des journaux orientés mono utilisateur). La plupart dans l'optique d'une chaîne éditoriale (rédacteur, éditeur, etc...) mais certains avec gestion des accès par catégorie de contenu (analogue de dossier/répertoire dans un système de fichier), en tout cas c'était sur la feuille de route de Joomla! pour le passage entre la version 1.0.x et 1.5.x mais je n'ai pas été vérifié.
Pour résumer: le grand luxe avec la couverture fonctionnelle[5] totale c'est Alfresco (mais avec des pré-requis technique qui peuvent être rédhibitoire) et la solution parfaite est peut être Maarch.
Sinon, en fonction du besoin réel, filethingie peut parfaitement convenir (moyennant l'occultation de demandes de fonctionnalités tacites : la sécurité conforme à l'état de l'art) en respectant la lettre de la demande (mais pas l'esprit).
[1][2][3][4][5] Foutaises!!! 
