En libre (mais pas nécessairement gratuit, si vous prenez une mandriva platinium ou une redhat par exemple pour avoir un support garantie):
Scrapbook, une extension de firefox
http://amb.vis.ne.jp/mozilla/scrapbook/ ... g=en#Notes
BasKet un clone de OneNote sous KDE
http://basket.kde.org/screenshots.php
Les deux existent en français.
P.S. oui, je sais, vous êtes sous windows, mais les applis KDE devraient a terme arriver sous windows avec KDE/Qt 4, et sont mieux intégré et plus facilement supporté dans l'environement du développeur (à quand la migration?).
edit: et éventuellement les desktop wiki comme wikidpad
http://www.framasoft.net/article4121.html