Je n'ai pas bien compris où se situent tes données partagées, sur quel type de partition (NTFS, fat, fat32) et comment tu gère l'accès des élèves.
Sous les autres logiciels comment procèdes-tu, tes partages fonctionnent-ils?
J'utilise OOo aussi bien sur domaine NT4, workgroup avec Xp,NT4 et 9.X et je n'ai jamais rencontré un tel problème sauf quand les machines 9.x en fat/fat32 essayent de communiquer avec des machines en NTFS.
Tes dossiers partagés sont-ils sur une partition FAt ou NTFS?
Si tu gère les droits utilisateurs en NTFS tes machines 9.x ne pourront y accéder, si tu partages tes données sur une partition Fat c'est les droits que tu ne pourras gérer.
Pour tes essais, tantes quand même le fat16 reconnu par tous les win.
Si tu indiques rapidement ta structure RZo et ta politique de droit, je peux essayer d'approfondir tes essais sur une plateforme d'essais sans risque.
Je fais ça pour les petits workgroup:
poste nt ou xp en guise de partage avec une partition en fat16 découpée en 1 sous dossier par client en accès limité à son propriétaire.
Pour s'y connecter depuis un poste 98 il faut activer dans le panneau de conf la gestion des utilisateurs et se connecter au partage de fichier grâce à un lecteur réseau. Tu auras une fenêtre "se connecter en tant que " dans laquelle tu rentreras le nom et le mot de passe défini sur la machine partage.
En cas de perte de mot de passe sous 9.x tu édites le fichier utilisateur.pwl de ton élève et le vide avant de réenregister; au redémarrage il t'en demandera un nouveau.
Question sécurité c'est moyen, mais cela fonctionne très bien.

Il existe une solution pour faire communiquer tous les wins entre eux et même avec linux avec les produits de sysinternal ci-dessous, mais question licence il faut peut-ête approfondir la question pour un usage institutionnel ...
http://www.sysinternals.com/Utilities/NtfsWindows98.html
http://www.sysinternals.com/Utilities/NtfsDosProfessional.html
http://www.sysinternals.com/Utilities/Fat32.html
Bon courage,
E-