Salut,
Je n'ai jamais eu ce type de problème. J'ai toujours laissé les màj de firefox se faire automatiquement (ainsi que celle de thunderbird d'ailleurs). Les seules pour lesquelles il a fallu procéder autrement sont celles de changements de version (passage des versions 1 au 2, et certainement celle vers la version 3 d'ici quelque temps).
Les choses étant bien faites (notamment par les équipes framakey et mozilla) seules les màj supportées par les versions portabilisées te sont proposées automatiquement. Pour les autres (style changement de version) tu verras vite des propositions de téléchargement du nouveau paquet sur le forum (moins de 15 jours pr le passage de firefox 1 à 2).
Personnellement, je te conseillerais d'activer ces màj qui sont souvent des correctifs de sécurité.
Pour le cas présent, si tu rencontres un problème en les activant, charge un paquet FF2, supprime l'ancien (copie d'abord ton "profile"

), supprime ce qui se trouve dans "Ajout / suppression de programme", installe le nouveau paquet puis lance ce nouveau FF dans lequel t'aura collé ton profile.
Amicalement