La 6.0 r01 est sur la même base que la 5.0 r02 donc elle devrait avoir le même comportement.
Par contre les 6.0.1 et 11.0 ont un mécanisme complètement différent de "rebranding", beaucoup plus rapide, moins consommateur de ressources et d'espace.
Une vérification rapide permet de savoir s'il s'agit d'une de ces deux versions : le dossier
FramafoxPortable/App/Framafox/distribut ... amakey.org est-il présent ?
Dans l'affirmative, quel est le contenu du fichier install.rdf ?
Et pour finir un conseil : mieux vaut privilégier la version la plus à jour du site Framakey (donc la 11) par rapport aux anciennes versions

Après, il reste toujours la possibilité d'une extension qui fasse tout coincer.