Bon je ne sais pas si je suis dans la droite ligne de la réponse, mais pour préparer des documents longs et structurés
j'aime Treepad... sa version gratuite permet (outliner) de créer la structure du document et de reorganiser facilement. La version payante permet de super exports. On note que même la version gratuite permet des exports pdf (mais simples, sans images).
J'ai regardé Help n Doc cela semble interressant mais la version gratuite me semble limitée et la payante chère..
http://www.helpndoc.com/http://www.gratilog.net/xoops/modules/m ... 73&lid=563 par exemple
Sinon... pourquoi ne pas regarder vers le LateX, si tu arrives à faire les bons squelettes...
Perso je fais souvent des doc en partant de Impress (la partie de LibreOffice qui fait des présentations) puis je fais un export en PDF... c'est graphique, on peut faire des liens facilement...
Voilà, et je m'excuse de nouveau de ne sûrement pas répondre précisément à ta problématique mais ceci est le fruit d'une expérience de fabrication et SURTOUT de mise à jour de documents en conservant une structure et une présentation.