Bonsoir,
Sous un environment Ubuntu/Gnome, le centre d'aide est géré par le logiciel Yelp. Celui-ci supporte les Docbook, pages d'aide HTML, pages de manuel et les pages info (c.f.
http://library.gnome.org/users/user-guide/stable/yelp-introduction.html.fr). Sous Kubuntu/KDE, c'est khelpcenter qui en a la charge; dans son cas, je crois qu'il peut gérer les même formats mais qu'il est (enfin les développeurs de la documentation de KDE) plutôt orienté vers le Docbook.
Donc au mieux, ça s'oriente vers le DocBook.
Une petite page de doc sur TLDP
http://www.tldp.org/HOWTO/HOWTO-INDEX/misc.html#MISCAUTHOR te donnera des informations plus quelques outils possibles pour en écrire (bien que j'aie vu que OpenOffice.org puis sauvegarder son travail sous format DocBook....)