Page 1 sur 21, 2 Suivantbiologie moléculaire

[deltamoins]

Bonjour,

Je travaille dans la génétique et je cherche des logiciels assez particuliers.
J'utilisais notamment un logiciel d'analyse GeneMapper sous windows. J'aimerais savoir si un équivalent existe sous Linux.
J'imagine bien que ce genre de logiciel ne doit pas dire grand chose à pas mal de monde mais peut-être que quelqu'un pourra m'indiquer un site/forum où je pourrais trouver des logiciels Linux pour la génétique en général.

Merci d'avance !

[cortomaltes]

Je connais pas GeneMapper. Par conter Biologeek avait un projet de liv-cd de bioinfo... Je sais pas ou ça en est. il en parlait ici et listait un certain nombre de logiciels bioinfo sous linux.

[NickyPanther]

Je ne connais pas non plus GeneMapper, mais une piste serait de chercher dans les forges des projets visant les mêmes fonctionalités. En vrac :

http://sourceforge.net/
http://freshmeat.net/
http://developer.berlios.de/
http://sarovar.org/
https://gna.org/

Bon courage,

Dominique

[deltamoins]

Merci à tous les deux pour votre rapidité (je suis chaque fois impressioné par la rapidité des gens sur les forums !) :-)

Je connais biologeek je vais y rejeter un oeil.

Je vais aussi aller voir sur les forges en question merci pour la liste.

Je mettrais des liens si je trouve quelque chose ça peut en intéresser d'autres (j'espère ! que je ne suis pas le seul )

A plus et merci

[yostral]

Je ne connais pas non plus GeneMapper, mais quand je regarde, sous Ubuntu Edgy, dans synaptic, dans les sections sciences (universe et multiverse), il y a pas mal de programmes qui semblent porter sur la biologie moléculaire. Si tu as moyen de voir ça, chez toi ou ailleurs, peut-être trouveras-tu ton bonheur.

[deltamoins]

Bonjour,

Je suis moi aussi impressionné par le nombre de logiciels disponibles dans Synaptic pour des utilisations assez pointues.
Cependant tous ces logiciels sont destinés aux gens qui travaillent sur la séquence des gènes proprement dite (la suite des lettres qui forment le code génétique) et moi je travaille sur des marqueurs génétiques différents qui sont plus assimilables à des étiquettes du génome. Et comme dans tous les endroits où on trouve des logiciels pour la biologie moléculaire, il y a beaucoup de logiciels développés pour les séquences et peu (voire pas du tout) pour les marqueurs...
Je suis d'ailleurs aller voir sur les forges conseillées par NickyPanther et j'ai du faire le même constat...
Par contre j'ai quand même trouvé un logiciel qui semble faire ce que je veux mais je ne suis pas encore bien sûr...
C'est Genographer sur http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/. Il fonctionne apparement avec un certains type d'appareil de marquage, décidemment rien n'est simple... Il faut dire que les boîtes privés qui développent ce genre d'outils sont tout pour qu'on achètent tout le package (appareil et logiciel qaund c'est pas les réactifs ! ) chez eux.

Merci en tous cas je vous tiens au courant si je trouve autre chose.

[deltamoins]

Bonjour,

Je vous donne l'état de mes recherches, ça peut intéresser d'autres personnes. Vu que le sujet est commencé, autant le "terminer" avec des infos.
Deux logiciels libres existent qui offrent une alternative à GeneMapper :
- STRand développé par l'université de Davis en Californie (http://www.vgl.ucdavis.edu/informatics/ ... index.html) mais il ne fonctionne que sous Windows et il ne traite pas les fichiers de données issus de tous les appareils de génotypage (notamment pas les plus récents).
- Genographer développé par l'université du Montana (http://hordeum.oscs.montana.edu/softwar ... index.html) mais qui ne traite pas les fichiers de données de tous les appareils de génotypage dont les plus récents.
Voilà l'état de ma recherche pour le moment. Je vais donc surement opter pour la solution émulation et installé WINE pour pouvoir installer le logiciel GeneMapper si ça marche...

Merci encore pour votre aide.

[gerald2545]

Bonjour,
alors au final tu as réussi ton install de GM sous WINE?
Tu as testé les logiciels dont tu parles dans ton dernier post?
Les fichiers que tu analyses sortent de quel séquenceur?

A+
Gérald

[phylaine]

Bonjour,

Sympa de nous avoir donné le résultat de tes recherches. Continue et dis-nous pour Wine.
Si cela peut t'aider il est possible de contourner les limitations de Wine en montant un système Win32 en virtualBox. Tu lances alors ce que tu veux sans avoir à rebooter, et pas de problème de compatibilité. Par contre l'idéal est d'avoir un PC dual Core, pour les performances.

Cordialement.

[deltamoins]

Bonjour,
Désolé pour le temps de réponse, c'ets un peu speed au boulot en ce moment...
Bon alors honnétement je ne me suis pas trop occupé de cette histoire de GeneMapper et de WINE. En fait depuis mon post, j'ai du m'occuper d'autres trucs pour ma thèse (comme par exemple extraire l'ADN ou travailler sur des modélisations) et donc je n'ai pas eu le temps de tester la solution WINE + GM...
Pendant cet été, mes ADN seront génotypés donc le problème du traitement des données va se poser de façon plus pressante donc je pense que je me repencherais sur le problème. Je vous tiendrais au courant de toutes manières.
Phylaine, Est-ce que tu peux me préciser ce qu'est un "système Win32 en VirtualBox" s'il te plaît ? Quelle est la différence avec WINE ? Pour le PC dual core oui ce serait idéal (enfin je sais juste que c'est un truc très efficace) mais je pense que ce n'est pas à l'ordre du jour. Quoique justement mon équipe m'a chargé de commander deux pc :-) !
Bref là encore en quoi le dual core (double processeur c'est ça ?) est plus intéressant (à part le fait qu'il réfléchit deux fois plus vite bien sûr) ?
MEerci pour votre intérêt, je vous tiens au courant !