Si tu n'as rien contre la ligne de commande, je te conseille vraiment GMT, le jeu de commandes créé à l'université d'Hawaii :
http://gmt.soest.hawaii.edu/
c'est absolument génial et puissant. Il s'agit d'un jeu très complet de commandes permettant de construire couche après couche un document PostScript. Les commandes permettent de dessiner, de faire des projections géographiques (ou non), de faire du traitement (interpolation, triangulation, rééchantillonnage, FFT, etc.), de dessiner des isolignes, des vecteurs, des nuages de points... T'as aussi des données de fond de carte, comme les traits de côte, les fleuves, les frontières du monde entier.
Tu peux faire des scripts pour générer les images (avec légendes et échelles), les intégrer dans des programmes, etc. Tu trouveras plein de tutos dans le site. Comme c'est juste des commandes, elles se mélangent totalement à une syntaxe de script, donc on peut faire des redirections, des pipes, mélanger des programmes d'autres langages avec, etc.
Il existe des IHM qui se greffent sur GMT pour le rendre plus "convivial" (comme on dit), mais j'en ai jamais eu l'utilité.
Ca marche sous Linux évidemment, et sous Windows quand tu as installé Cygwin.
EDIT : Euh vi j'allais oublier : c'est complètement LIBRE.
, mais qui est un SIG complet....