Pour wims, on peut l'installer à partir d'une Ubuntu, il y a les paquets dans les dépôts. En cas de souci, tu peux aller sur le
forum de wims edu pour te faire dépanner (très réactif).
Pour la CNIL, je n'ai pas fait de déclaration, car je n'archive pas les résultats des élèves, qui sont remis à 0 à chaque période. Peut-être pas très légal, mais la cnil a d'autres chats à fouetter bien plus importants, et j'ai l'autorisation (voire la bénédiction) de mes parents d'élèves...
Pour le login/mot de passe, mes élèves en ont un unique pour tous les sites sous authentification de l'école, et il y en a pas mal... Pourquoi ne pas reprendre celui de l'ENT, qui t'es imposé, sur tous tes sites ?
Enfin, pour ton besoin précis, Hotpotatoes et un serveur Sequane devrait suffire à ton bonheur si tu ne cherches que des QCM et que tu es prêt à les créer (ou les faire créer par tes élèves, c'est très formateur).
Edit : il est vrai que hotpotatoes n'est pas libre. Effectivement, les paquets pour Debian existent (je n'avais pas lu ton post), c'est le plus simple pour toi.