Avec tar. Ton dépôt local étant dans /home/user tu fais depuis celui-ci en console:
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$ ls
Documents Mail softorganise
->softorganise est un répertoire contenant trois fichiers
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$ tar cfj softorganise.tar.bz2 softorganise
->produit le 'softorganise.tar.bz2' à partir du 'softorganise'
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$ ls
Documents Mail softorganise softorganise.tar.bz2
->ls dit quels sont les fichiers (=répertoires) mais pas ceux caché (on en a pas besoin ici)
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$ mv softorganise Documents/
->mv déplace le rep 'softorganise' à l'intérieur du rep 'Documents'
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$ ls
Documents Mail softorganise.tar.bz2
après, pour le dépaqueter:
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$ tar xvfj softorganise.tar.bz2
softorganise/
softorganise/PresentationSpirale20200509Qualinnove_04.00.pdf
softorganise/Decision.pdf
softorganise/PresentationSpiral200509Qualinnove0400.pdf
(docs proposées ici sur ce forum, et que je n'ai pas fni de lire ... )
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ls
Documents Mail softorganise softorganise.tar.bz2
$
Tu peux jeter le tarball, ou le garder comme archive de réserve. Il aura préservé droits et permissions.