1/2 - La clé usb peut être bootable dans le cas de la version ubuntu-fr remix (F.U.R.) le but étant de pouvoir utiliser des applications portables sous windows et de pouvoir démarrer le live usb sous linux en gardant les profils des appli sous windows.
Les autres versions n'ont pas besoin d'être bootables. Cela dit, ce n'est pas au formatage de ta clé que tu décides si elle est bootable, elle ne sera bootable que si tu y copies les fichiers syslinux etc et si ton pc te le permet (à voir de le bios ou dans les options au démarrage).
Par contre, un formatage en FAT16 au lieu de FAT32 peut permettre de booter plus facilement selon les machines.
3 - La framakey pour Windows seul peut être placée n'importe où : sur ton disque dur, sur une carte SD, sur n'importe quel support amovible ou non, mais accessible en lecture et écriture (pas de CD ou DVD en gros). Le fichier start.exe permet juste d'être proposé au branchement de la clé usb comme logiciel à exécuter quand il est à la racine de la clé (et que le reste suit). Il lance tout les petits utilitaires qui font la framakey : framakiosk, framalauncher, cafe.
Donc si tu veux mettre la framakey sur ton disque dure ou dans un sous-répertoire de ta clé, il te faudra juste aller chercher manuellement l'emplacement de ce fichier pour le lancer, ça n'a pas vraiment d'incidence... Par contre, la structure de la framakey doit être conservée telle quelle (sauf si tu as une connaissance approfondi du truc, là tu peut te permettre de déplacer les appli à ta guise, virer les éléments dont tu ne te sert pas etc... c'est assez modulable mais par défaut il ne vaut mieux pas trop toucher)
4 - Tu peux rajouter autant d'appli que tu veux :
http://framakey.org/Portables/IndexIl te suffit d'observer un peu la structure de la framakey pour savoir où placer l'application (voir
tutoriel).
Je ne comprend pas bien ce que tu veux dire concernant un windows de secours. Si c'est pour lancer un logiciels présent sur ton pc, tu peux ajouter les raccourcis que tu veux au framakiosk ou au framalauncher.